Den ligger 1 879 m ö.h. i Kaskadbergen och är 589 m djup. Sjön har varken tillflöde eller avlopp, och vattenmängden hålls konstant genom regn och smältande snö. Crater Lake ligger i den enorma hålighet (caldera) som bildades då toppen på en vulkan (numera kallad Mount Mazama) exploderade för ca 6 850 år