Frandsen blev 1934 den första professorn i nordisk litteratur i Aarhus samt universitetets första rektor. Han ägnade sig särskilt åt den lyriska diktningen. Doktorsavhandlingen handlade om Mariavisorna, och i ett arbete om Folkevisen (1935) lade han fram nya synpunkter på vissa balladkategoriers ålder och härstamning, vilka förorsakade livlig debatt.