Gastroskopi utförs genom att instrumentet (gastroskopet), ibland efter lokalbedövning, förs genom munnen in i svalget och skjuts ned i matstrupe och magsäck. Instrumentet är försett med en mekanisk styrmekanism som kan vrida spetsen i olika vinklar för inspektion av tolvfingertarm, magsäck och matstrupe. Vid behov kan vävnadsprov tas