Grön Ungdom är organiserad som en federation av självstyrande lokalavdelningar som förbinds genom riksårsmöten (RÅM). RÅM är organisationens högsta beslutande organ. Mellan riksårsmötena fungerar förbundsstyrelsen som det högsta beslutande organet. Grön Ungdom står för samma politiska program som moderpartiet och leds av två språkrör; Hanna Lindqvist (född 2004; språkrör sedan 2025)