Efter universitetsstudier i bland annat historia genomgick Gunnar Wetterberg Utrikesdepartementets aspirantutbildning 1975 och arbetade 1976–86 främst på UD, tidvis med placering utomlands; 1979–82 var han byrådirektör på Riksrevisionsverket. Han var därefter anställd på Finans- och Jordbruksdepartementen, 1990–95 som departementsråd och chef för strukturenheten på Finansdepartementet med ansvar för bland annat