Nyström var arkitekt för Helsingfors universitet 1881–1915. Hans förnämsta byggnader, riksarkivet (1886–90) och Ständerhuset (1888–90), båda i Helsingfors, går i nyrenässansstil. Senare visade han ett växande intresse för fasadtegel, inhemsk granit och järnkonstruktioner.