Upmark inrättade på museet en ny avdelning för konsthantverk, invigd 1885. Han utgav skrifter om bl.a. tapetväveriet under Vasakungarna; huvudverket är Die Architektur der Renaissance in Schweden (1530–1760) (1897–1900; ”Svensk byggnadskonst 1530–1760”), tillkommen i samband med restaureringen av Gripsholm på 1890-talet, där Upmark var en av initiativtagarna.