Werner gjorde sig på 1940-talet gällande som skapare av visuellt slagkraftig kortfilm, ofta av experimentell karaktär, som Midvinterblot (1945) och Tåget (1946). Särskilt uppmärksammades Att döda ett barn (1952) efter en novell av Stig Dagerman. Hans sju långfilmer (1947–55) är mer konventionella.