H. är en grund, näringsrik slättsjö. Den avrinner genom Eskilstunaån (Hyndevadsström) till Mälaren; de största tillflödena är Svartån och Kvismare kanal (Täljeån). H. har i söder branta och i norr flacka stränder. Sjöns delbassänger är: Östra Hjälmaren, Storhjälmaren, Mellanfjärden och Hemfjärden (se tabell).