Handl, som räknades som en av sin tids främsta kontrapunktiker, skrev huvudsakligen kyrkomusik (mässor och motetter). Hans musikaliska stil inbegriper såväl nederländsk paroditeknik som venetiansk flerkörighet. Hans Opus musicum (1–4, 1586–91) innehåller 445 motetter avsedda att sjungas vid tidegärdsböner och helgonfester.