Japan har alltid varit ett mångreligiöst land. I förhistorisk tid beboddes arkipelagen av flera folkgrupper med olika religiösa föreställningsvärldar (se jomonkulturen, ainu) . Under de första århundradena e.Kr. lade Yamatoklanen grunden till en statsbildning med centrum i Nara, och fick gradvis större inflytande över de tre sydliga huvudöarna (Kyushu, Shikoku