Goujon arbetade i en klassiserande renässansstil som tyder på italiensk påverkan men med en mycket personlig prägel. Många av hans verk tillkom i samarbete med arkitekter, främst Pierre Lescot. Det förnämsta exemplet härpå är Fontaine des Innocents i Louvren, Paris (ca 1549). I detta nu helt ombyggda skulpturverk ingår