Gersdorff blev efter Fredrik III:s tronbestigning 1648 riksråd och nära medarbetare till kungen. År 1652 efterträdde han Corfitz Ulfeldt som rikshovmästare. Gersdorff var en av de huvudansvariga för kriget mot Sverige 1657. I samband med statsvälvningen 1660–61 blev han kort före sin död drots och statskollegiets president, dvs. nominell regeringschef.