Johan II bekämpade adeln och konsoliderade kungamakten med borgerskapets stöd. Han uppmuntrade fortsatta upptäcktsresor i Afrika och sökandet efter sjövägen till Indien. År 1494 slöt han med Kastilien fördraget i Tordesillas om en ny demarkationslinje mellan de båda koloniala staternas intressesfärer.