Som en av medlemmarna i gruppen Fynboerne målade Johannes Larsen särskilt danska landskap och skildrade djurlivet på Fyn med en fin och intim karakteristik. Hans illustrationskonst omfattar Blichers ”Trækfuglene” (1926–28), Achton Friis’ ”De danskes Øer” (1926–28) och ”De islandske sagaer” (1930–32). I hans födelsestad Kerteminde ligger Johannes Larsen Museet.