KSI är underställt chefen för Must, men lyder direkt under överbefälhavaren (ÖB) i vissa frågor. KSI leds av en chef vars namn inte redovisas öppet. Inte heller redovisas KSI:s organisation, antal medarbetare eller budget. Uppgifter regleras genom en av ÖB fastställd kvalificerat hemlig instruktion och genom vissa direktiv i särskilda,