LPS är där alltid uppbyggda av tre delar, som kan ha mycket olika sammansättning: lipid A, fettkomponenten, är ett endotoxin och förankrar LPS i yttermembranet; en stam av en oligopolysackarid förbinder lipid A med en mycket variabel sockerkedja, som ger de gramnegativa bakterierna deras antigenkaraktärer.