Analysmetoder innefattar artbestämning och ofta också frekvensberäkning. Makrofossilanalys kan göras dels för att klarlägga ett enskilt lagers bildningsbetingelser, dels för att upprätta någon form av biostratigrafi eller göra ekologiska studier. Preparationsmetoderna omfattar vanligtvis någon form av anrikning av fossilen, t.ex. genom siktning, silning eller flotation. Vid analys av lager som