Manuel Zelaya var godsägare när han började engagera sig i Partido Liberal de Honduras ('Honduras liberala parti', PLH), ett av landets två då dominerande partier. Han var socialinvesteringsminister i två regeringar 1994–99. Zelaya vann en knapp seger i presidentvalet 2005, i vilket han fick 49,9 procent av rösterna mot 46,2 procent