Brunnerus var en av de första filologerna i Sverige. Som teolog var han ortodox och motståndare till cartesianismen men främst inriktad på praktisk teologi, särskilt förbättringen av predikokonsten. Mest känd är Brunnerus för sin kritik av de i hans samtid grasserande häxprocesserna. Han bestred inte att trolldom kunde förekomma men