Södra Mato Grosso består huvudsakligen av en savannbevuxen platå (Planalto do Mato Grosso), medan norra delen täcks av regnskog (del av Amazonområdet). Genom sitt läge var Mato Grosso länge ett isolerat område. Under senare år har dock vägutbyggnad bidragit till växande ekonomisk aktivitet och snabb folkökning, vilket har medfört problem