Ekholm var ledare för Sveriges Skolledarutbildning 1975–90, generaldirektör vid Skolverket 1999–2003 och för den nyinrättade Myndigheten för skolutveckling 2003. Åren 2004–05 var han generaldirektör vid utbildnings- och kulturdepartementet. Ekholms forskning har inriktats framför allt på skolors och ungdomars sociala utveckling.