Föregångare till M. var Collegium medicum 1663–1812 och Sundhetskollegium 1813–77. Enligt Kungl. Maj:ts instruktion 1947 var ämbetsverkets uppgift att ”utöva högsta inseendet över den allmänna hälso- och sjukvården jämte apoteksväsendet i riket samt i övrigt handlägga ärenden rörande rikets medicinalväsende”. Efter en snabb utredning på 1960-talet omorganiserades M. och dåvarande