Megaton förekommer även som enhet för kärnladdningars energiinnehåll. 1 Mt innebär då den energi som utvecklas vid explosion av 1 Mt trotyl, dvs. ca 4 PJ (petajoule) = 4 · 10¹⁵ joule. Som exempel kan nämnas att en s.k. vätebomb kan ha en styrka av ca 2 Mt innebärande