I unga år var Michael Haydn sopransolist vid Stefansdomen i Wien och utbildades sig senare till organist. Han blev 1757 kapellmästare hos biskopen av Grosswardein i Ungern (nuvarande Oradea i Rumänien) och var från 1762 till sin död hov- och domkyrkoorganist hos ärkebiskopen av Salzburg, där han efterträdde Mozart.