Den består av en likströmsdriven elektromagnet med två cirkulära polytor, mellan vilka finns en vakuumkammare med en elektronkanon och en accelerationskavitet (bild 1). Kaviteten får högspänningspulser på flera hundra tusen volt. Mikrotronen liknar en cyklotron, men då elektronen är mycket lättare än protonen arbetar de båda acceleratortyperna efter olika principer.