Militärledningen behandlade främst frågor om Försvarsmaktens långsiktiga utveckling, beredskap och operativa planering. I dess sammanträden deltog överbefälhavaren och högre chefer inom Försvarsmakten. I samband med försvarsreformen 1994 avvecklades Militärledningen och ersattes av Direktionen, som 2005 i sin tur ersattes av försvarsmaktsledningen, FML, i vilken de tio högsta cheferna i Högkvarteret ingår.