Inbördeskrig och militärkupper

Motsättningarna mellan regionerna ledde emellertid till slitningar och oroligheter, särskilt i norr, där invandrade och ofta administrativt och ekonomiskt ledande igbos utsattes för överfall som urartade till pogromer. 1966 iscensatte en grupp officerare, de flesta igbo, en kupp och avrättade bland andra Balewa. De blev i sin tur fängslade av arméchefen Johnson Aguiyi-Ironsi (1924–66), som avskaffade federationen och de politiska partierna. Han blev snart kidnappad och mördad av soldater från norr, och stabschefen Yakubu Gowon tog makten och