Vid assimilatorisk nitratreduktion används ammoniumjonerna för syntes av organiska kväveföreningar. Den kan utföras av många bakterier och svampar och de flesta alger och växter. I stabila sura ekosystem, såsom de flesta barrskogar och myrar, saknas nitrat, och växterna använder enbart ammoniumjoner. Det första steget, den egentliga nitratreduktionen, innebär en