Pancytopeni är vanligen ett tecken på benmärgspåverkan, t.ex. direkt skada, som vid aplastisk anemi, eller störd funktion, som vid leukemi. Den är ibland ett uttryck för en ändrad fördelning av blodets celler, som vid mjältförstoring (splenomegali) med ökad ansamling av blodets celler där (hypersplenism).