Per-Gunnar Alldahl studerade vid Kungliga Musikhögskolan; han erhöll orgeldiplom 1967, avlade musikpedagogexamen 1969 och studerade komposition för Ingvar Lidholm. Vid denna institution var han också verksam som lärare i gehörslära 1969–2009, från 1971 som lektor och från 2006 som professor.