Rotzonen har speciell mikroflora och mikrofauna, som är beroende av de organiska ämnen som avges av roten, bl.a. genom sönderfallet av celler från rotmössa och rothår. I rotzonen kan det finnas kvävebindande bakterier av betydelse för växten. Se även mark (Kemiska jämvikter och processer samt Markorganismer).