Lindqvist, som var en tvärvetenskapligt inriktad forskare, gjorde stora insatser för utforskandet av mellersta järnåldern; bl.a. innebar hans undersökning av båtgravfältet vid Valsgärde ett nytänkande inom arkeologisk utgrävningsteknik. Bland Lindqvists ansenliga produktion kan nämnas de vetenskapliga arbetena Vendelkulturens ålder och ursprung (1926), Gamla Uppsala högar och Ottarshögen (1936),