Orsaken kan vara otillräcklig bildning på grund av sjukdom i benmärgen, t.ex. leukemi. Oftast är dock trombocytopeni betingad av kraftigt påskyndat försvinnande av trombocyterna beroende på antikroppsbildning, varvid de antikroppsklädda trombocyterna tas upp i mjälten. Tillståndet benämns vanligen immunmedierad (förr idiopatisk) trombocytopen purpura, ITP. Vidare ger sjukdomar