Vytenis Andriukaitis föddes i Sacha (Jakutien) i dåvarande nordöstra Sovjetunionen, dit hans familj deporterats. Tillsammans med modern och två bröder tilläts han återvända till Litauen 1958, fadern året efter. Andriukaitis är utbildad läkare (hjärtkirurg) och har även en universitetsexamen i historia och statsvetenskap.