En sådan fistel är oftast en rest efter en böld vid sidan av ändtarmen (analabscess) varifrån var tömt sig dels in i tarmen, dels ut på huden. Ändtarmsfistel kan ibland vara en följd av Crohns sjukdom. Fisteln kan gå igenom ändtarmens muskulatur högt upp (hög fistel) eller nära ändtarmsöppningen (låg fistel).