Åren 1932–36 arbetade Emsheimer i Leningrad och ledde bl.a. inspelningsresor till Kaukasus (1936). Han kom till Etnografiska museet i Stockholm 1937 och var chef för Musikhistoriska museet (senare Musikmuseet) i Stockholm 1949–73. Emsheimer publicerade internationellt grundläggande arbeten inom musiketnologi och musikinstrumentforskning och verkade för den tidiga musikens etablering i Sverige.