I vissa flavoproteiner ingår både FMN och FAD, men i de flesta ingår bara en av dem. Flavoproteiner är enzymer som katalyserar reaktioner i vilka elektroner överförs; sådana reaktioner ingår i många av processerna i cellens metabolism, t.ex. fotosyntesen och cellandningen. Exempel på flavoproteiner är flavodoxin, glutationreduktas och succinatdehydrogenas.