Anthony van Hoboken grundade 1925, tillsammans med sin lärare Heinrich Schenker, ett arkiv för fotokopior av viktiga musikverk i tonsättarens egen handskrift vid Nationalbiblioteket i Wien. Privat samlade han verk av främst Joseph Haydn, vilket bland annat resulterade i en tematisk katalog för identifiering av Haydns verk (2 vol., 1951 och 1971).