Assimilation innefattar inom fysiologin den process varvid organismen upptar näringsämnen och omvandlar dem till artegna ämnen, som utnyttjas för cellens uppbyggnad eller funktion. Uttrycket används främst inom växtfysiologin om växtens upptagande av näringsämnen från omgivningen och inbyggandet av dem i den egna organismen. Beträffande fotosyntetisk assimilation och koldioxidassimilation, se fotosyntes.