Den används bl.a. inom parfymindustrin. Farnesol, i form av pyrofosfat, är en av utgångssubstanserna för biosyntes av terpener och steroider. Så t.ex. kopplas två molekyler farnesylpyrofosfat till skvalen, ett omättat, acykliskt kolväte som utgör försteg till steroiderna.