Almunia blev under Francotiden medlem av det då underjordiska socialistpartiet och arbetade även fackligt. Han blev parlamentsledamot 1979 och partiets gruppledare 1984 och var arbetsmarknads- och socialförsäkringsminister 1982–86 samt minister med ansvar för offentlig förvaltning 1987–91. År 1997 utsågs Almunia till ny ledare för socialistpartiet. Han hörde till den reforminriktade