Som amiral (nauarchos) över den peloponnesiska flottan besegrade Lysandros athenarna vid Notion 407 f.Kr. Vid Aigospotamos, 405 f.Kr., förintade han den athenska flottan varefter Athens bundsförvanter gav upp. Lysandros blockerade Athen till sjöss, och följande vår kapitulerade staden. En oligarkisk kommitté (”de trettio tyrannerna”) övertog makten.