Mälaren består av vikar, sund och fjärdar och har många öar. Dess form beror på förkastningar, åsar och sprickdalar. Största tillflöden är Arbogaån, Eskilstunaån, Kolbäcksån och Fyrisån. Mälaren var tidigare en vik av Östersjön, men isolerades under 1100-talet på grund av landhöjningen. Denna har från 1900 till 2015 höjt vattennivån