Paul Mägi utbildades i Tallinn och vid Moskvakonservatoriet för Gennady Rozhdestvensky. 1978 grundade han Estniska radions kammarorkester och 1980 som jazzviolinist även radions storband. Åren 1984–88 var han dirigent vid Sovjetiska kulturministeriets symfoniorkester i Moskva och 1984–91 dirigent vid nationaloperan Estonia i Tallinn, där han även var konstnärlig ledare 1995–2002.