Flera grupper av protozoer orsakar sjukdomar hos människa. I gruppen amöbor kan Entamoeba histolytica orsaka amöbadysenteri (se amöbainfektion). Andra släkten i denna grupp som också angriper människa är Acanthamoeba, som ger ögoninfektioner, och Naegleria, som ger en form av hjärnhinneinflammation. I gruppen flagellater orsakar Giardia intestinalis