SLU är indelat i fyra fakulteter: fakulteten för skogsvetenskap, fakulteten för naturresurser och lantbruksvetenskap, fakulteten för veterinärmedicin och husdjursvetenskap samt fakulteten för landskapsplanering, trädgårds- och jordbruksvetenskap. Inom flera ämnesområden bedrivs utbildning och forskning i samarbete med universiteten i Lund, Uppsala och Umeå samt med Statens veterinärmedicinska anstalt (SVA), Skogforsk m.fl.