Vanligen är den effekt som avses en kemisk reaktion, och kofaktorn hjälper då det enzym som förmedlar reaktionen, t.ex. genom att stabilisera detta, tillhandahålla en komponent eller underlätta bindningen av substrat. Vanligen avses med kofaktor en metalljon som binds specifikt till ett enzym. Den kan också vara en proteindel, t.ex.