Den skiljer sig från aminosyran cystein genom att ha fyra kolatomer i sin kedja, jämfört med cysteinets tre. Homocystein ingår som mellanled i ämnesomsättningsreaktioner som gäller aminosyrorna metionin och cystein. Vissa av dessa reaktioner kräver vitaminerna folsyra eller B₁₂ som koenzymer, andra kräver vitamin B₆ som